COrDIS Cattle

Набор COrDIS Cattle для мультиплексного анализа 14-ти микросателлитных маркеров крупного рогатого скота

COrDIS Cattle – набор реагентов для молекулярно-генетической характеристики крупного рогатого скота с целью анализа родства и ДНК-индивидуализации животных на основе мультиплексного ПЦР-анализа 14-ти локусов, содержащих короткие тандемные повторы (STR), известные также как микросателлитные локусы.

Из 14-ти анализируемых STR-локусов 11 составляют стандартную панель маркеров, рекомендованную Международным Обществом Генетики Животных (International Society of Animal Genetics - ISAG): ETH3, INRA023, TGLA227, TGLA126, TGLA122, SPS115, ETH225, TGLA53, BM2113, BM1824, ETH10). Кроме того, в набор входят три дополнительных высокополиморфных микросателлитных локуса: CSSM66, ILSTS006 и CSRM60. Все эти локусы представляют собой тандемные динуклеотидные повторы.

Праймеры для ПЦР подобраны с учетом проведения амплификации всех 14-ти локусов в одной пробирке. Размер всех амплифицируемых ПЦР продуктов < 320 пар нуклеотидов (с учетом всех известных аллелей). Анализ результатов ПЦР проводится методом капиллярного электрофореза с использованием автоматических генетических анализаторов с лазериндуцированной флуоресцентной детекцией. В наборе COrDIS Cattle используется пять флуоресцентных красителей, характеризующихся разными длинами волн эмиссии для возможности одновременной детекции в разных каналах флуоресценции. Праймеры мечены четырьмя флуоресцентными красителями детектируемыми в каналах Blue, Green, Yellow, Red. Стандарт длины S450 мечен пятым, флуоресцентным красителем и детектируется в отдельном канале Orange одновременно с  продуктами ПЦР.

Для получения полного STR-профиля образца достаточно 0,2 нанограмм недеградиронной  ДНК. Оптимальное количество – 0,5 нанограмм.

Реакционная смесь в наборе аликвотирована в реакционных стрипованных пробирках 0,2 мл и поставляется в лиофилизированном виде, благодаря чему реакционные смеси могут храниться при комнатной температуре не менее 18 месяцев без потери чувствительности. Компоненты реакции активируются добавлением определенного объема раствора активатора в каждую пробирку. Общий объем реакции 20 мкл. Максимальный объем вносимого в реакцию раствора ДНК может составлять 16 мкл. Благодаря высокой устойчивости реакционной смеси к действию ингибиторов, большой объем препарата ДНК не препятствует успешной амплификации.

Набор валидирован для проведения ПРЦ в  амплификаторах: GeneAmp® 9700, GeneAmp® 2720, MJ Research PTC-100 , BioRAD MyCycler, Biometra TPersonal, Eppendorf Mastercycler. Анализ ПЦР-продуктов может проводится с использованием генетических анализаторов ABI PRISM® 310/3100/3100-Avant/3130/3130XL/3500/3500XL (Applied Biosystems) и Нанофор 05.

Описание микросателлитных маркеров COrDIS Cattle:

Технические характеристики

Количество одновременно анализируемых маркеров – 14;
Список одновременно анализируемых локусов: ETH3, INRA023, TGLA227, TGLA126, TGLA122, SPS115, ETH225, TGLA53, BM2113, BM1824, ETH10, CSSM66, ILSTS006 и CSRM60;
Количество флуоресцентных меток, используемых в наборе – 5;
Оптимальное количество вносимой ДНК: 0,2 – 2 нг
Предел чувствительности: < 100 пг;
Дискриминирующий потенциал набора: менее 1 из 10¹⁰